关于 cannot import name 'BatchedDGLHeterGraph' from 'dgl' 的一种解决办法

Bioinfo YJT952884715 ⋅ 于 2020-09-23 09:53:56 ⋅ 144 阅读

1、存在的问题

我在学习 Github 网站中的 attentive FP 模型时,按照 https://github.com/awslabs/dgl-lifesci 中的 README.md 依次安装了 pytorch,dgl等包,在运行 https://github.com/awslabs/dgl-lifesci/tree/master/examples/property_prediction/pubchem_aromaticity 中的 main.py 程序时,出现了错误。

其中 attentive FP 模型是一种新的用于分子表示的图神经网络结构,它引入了一种在分子内提取非局部效应的注意机制。
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2、问题分析及解决办法

代码准确无误,那有可能是包在安装时出了问题,我在学长的帮助下才明白,原来在安装 pytorch,dgl 这些包时,误认为自己的 CUDA 是 10.2,但其实电脑里根本没有 CUDA。而且本身电脑的显卡是 GTX 1650 比较特别,CUDA 不支持这个显卡,导致代码运行时无法用到 GPU,所以会报错。解决办法:按照 README.md 的要求,依次安装了不需要 CUDA 的包。最终代码顺利运行。
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3、参考资料

  1. 关于如何检查自己 GPU 能否支持 CUDA,链接为:https://developer.nvidia.com/cuda-gpus.

  2. 涉及 attentive FP 模型的论文为:Xiong et al. (2019) Pushing the Boundaries of Molecular Representation for Drug Discovery with the Graph Attention Mechanism. Journal of Medicinal Chemistry.
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